存在如下问题：1.自1993年3月28日开通运营至今，年年亏本经营。主要靠出租政府无偿划拨土地租金，出卖铁路线路、车站及土地使用权提成、财政补贴生存。2.无偿占用大量优质土地，影响城市发展。3.随着平湖南站综合物流基地的建成，既有西丽站钢材、石渣箱、部分集装箱等大量物资转移至平湖南站卸车，现只能通过优价亏本装卸集装箱(主要是空箱)，争取更多征用既有西丽站运营停运补贴。4.随着西部货运港口与盐田港及南沙港、高栏港的激列竞争，海铁联运货物少之又少。5.平南铁路生存空间越来越小，随着城市发展拆除平南铁路为众多重点工程项目建设提供土地资源是必然选择！6.铁路运输向快速、重载、电气化、大型车站发展，平南铁路均不具备这些条件。7.在深圳西部，广铁集团计划用西丽高铁站兼营货物快速运输，平南铁路肯定不是对手！8.随着深圳铁路规划总图实施，既有深圳西站即将关闭，客运搬至深圳东站;既有西丽站被征用建西丽高铁新城，剩下的坂田站因距国家级物流枢纽平湖南站太近(10公里左右，又要加收平南运费)，吸引不到好货源，只能卸一些污染周边环境的石渣集装箱(附近工程需求的石渣，坂田附近工程需要的钢材、水泥都发车到平湖南站)。9.平南铁路无偿占用政府土地被收回后，即将失去土地租金来源，完全要靠财政补贴过日子！
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